タイトルにあるご質問のようなこと、御社でも発生したことありませんか？
１時間遅刻をしてきた日に１時間残業した・・こんな場合、トータル時間のみ見ると（－１時間＋１時間）でプラスマイナス０となります。

結論、この場合は 相殺する・相殺しない どちらの方法でも大丈夫です。
ただ、割増賃金の対応や労務管理の対処の話も絡んできますので、整理して見ていきましょう！

法的な割増賃金の支払い義務は８時間を超えた時間分

まずは割増賃金の考えについて
労働基準法で割増賃金の支払い義務があるのは、法定労働時間８時間を超えた時間分に対してです。

（例）８時間勤務の会社で１時間遅刻、１時間残業した場合（休憩時間除く）

上記の例の場合、７時間勤務＋残業１時間＝８時間となり、残業の支払義務のある８時間を超えていません。そのため相殺した場合は、遅刻の控除なし・残業代の支払も不要となります。

ただ、ここで注意すべきは会社の就業規則にはどう書かれているか？です。
就業規則や賃金規程等に「所定時間外の労働に対し割増賃金を支払う」などの記載があると時間の相殺にはなりません。

 所定労働時間とは？
就業規則や雇用契約書などで定められた休憩時間を除く始業時刻から終業時刻までの時間のことです。労働基準法に定められた1日8時間、週40時間の法定労働時間の範囲内で、会社が自由に設定できます。

では、同じ例で見ていきましょう。

所定労働時間は、遅刻１時間＋７時間勤務＝８時間です。仮に時間の相殺をしても残業１時間分に対しては1.25割増分を支払う必要があります。
時給1,000円とすると、（遅刻－1,000円＋残業1,250円＝250円）となり相殺にならないのです。

相殺にならないなら、遅刻分を－1,000円控除して残業分を1,250円支払う（相殺しない）方法が給与計算上はシンプルでベストな方法となります。

先ずは、会社でどのようなルールを就業規則に記載しているかを、第一にチェックしてみてください。残業代の支払を「所定労働時間を超えた時間」と記載しているか、「法定労働時間や８時間を超えた時間」と記載しているか、その内容によって対処が異なってきます。

もし、何も記載していなければ労働基準法に従い、８時間を超えた時間で考えれば良いのですが、次の労務管理上のことも考え対処していきましょう。

遅刻と残業を相殺したら、遅刻のハードルが低くなるようで心配です

労務管理を考えると相殺をすることで職場のモラルが低下する可能性もあります。
要は、「遅刻しても残業すれば良いよね」と考え、業務上必要がないにもかかわらず残業をするケースも出てくる場合があるということです。

超過勤務は、業務上必要がある場合に行うものであって、その日に遅刻したことを理由に行うものではありません。

職場のモラル低下を懸念する場合は、相殺という扱いはしない方が良いと考えますが、相殺したからといって遅刻という労働義務違反（本来働く時間に働いていないという違反）が消えるものではないため、最終はどの対応が自社に合っているかを考えてみることをおすすめします。

ちなみに、昔々にご相談がありましたが、遅刻や早退時間分の賃金と『別日』の残業時間の賃金を相殺はできませんのでご注意ください！